Afin d'assurer la possibilité d'un suivi post-doctoral pour évaluation, le contrat est séparé en deux phases distinctes (art. 2) : une première qui correspond à la formation proprement dite et une deuxième dite de suivi. La deuxième dure cinq ans et débute à la fin de la première quel que soit le résultat de celle-ci (obtention ou non du diplôme) ; son rôle est explicité par les articles 20 et 21.
La durée de la première est liée à la durée recommandée (arrêté du 30 mars 1992), actuellement trois inscriptions, étendue à cinq dans le cas de thèses préparées dans le cadre de la formation continue (art. 16). Elle peut être prolongée d'un an au plus sous réserve d'une prolongation adéquate du financement (art. 15).
Le choix de ces durées est basé sur l'observation du marché de l'emploi extra-académique : l'insertion se fait d'autant plus difficilement qu'elle est tardive.