Nous énumérons ci-dessous ces acteurs, en citant respectivement leur rôle et leurs obligations.
Il est le responsable officiel de la formation doctorale pour la discipline scientifique concernée dans l'École Doctorale concernée.
En fin de thèse, il valide l'autorisation de soutenance donnée par le directeur de thèse (art. 15). C'est également lui qui reçoit les rapports d'avancement à chaque réinscription du doctorant (art. 13) et qui est le premier informé de situations de crise (art. 19).
Enfin, après la période de formation, il assure un suivi statistique des thèses de son unité : taux d'abandon, devenir professionnel des docteurs (art. 5, 20, 21).
Il est garant de la bonne intégration du doctorant dans l'unité, du respect mutuel de ses droits et de ses devoirs vis-à-vis du laboratoire (art. 11).
Il définit et élabore, en concertation avec le doctorant, le projet de recherche. Il s'assure de son intérêt scientifique dans le champ de recherche concerné (art. 9). Il assure le suivi régulier du travail de recherche : il doit en particulier détecter un éventuel problème d'avancement ou d'orientation des travaux et tenter, en premier lieu, de le résoudre avec le doctorant.
Il veille en outre à divers aspects de la formation du doctorant au métier de la recherche et à ses méthodes, tant par ses propres conseils qu'en lui assurant l'accès à des cours ou stages de formation complémentaires (art. 12). À la fin de la thèse, il lui revient d'évaluer le travail de thèse en vue de la soutenance (art. 15).
Pour garantir la disponibilité du directeur de thèse, il lui est en outre demandé de ne pas encadrer simultanément plus de deux doctorants.
Enfin, il nous paraît souhaitable de mettre fin aux pratiques qui consistent à distinguer un directeur de thèse administratif et un directeur de thèse scientifique. L'arrêté du 30 mars 1992 laisse aux chefs d'établissement la possibilité d'autoriser un chercheur non habilité et de « rang B » à encadrer une thèse sur un projet bien précis. L'utilisation de cette disposition, couplée aux capacités d'évaluation a posteriori offertes par le contrat de thèse, nous semble plus saine que les montages baroques actuellement en vigueur.
De plus, les contractants sont invités à doter le doctorant d'un parrain dont le rôle scientifique est issu du sens commun du mot : observateur et guide complémentaire, notamment en cas d'indisponibilité ou de surcharge de la part du directeur de thèse.