La CEC s'est formée le 2 mars 1996 pour répondre à la fois aux attentes de nombreuses associations locales ou thématiques d'étudiants-chercheurs et aux attentes d'étudiants-chercheurs dispersés, réunis par le réseau Internet autour du mouvement HOTDOCS. Par étudiants-chercheurs, nous entendons en fait un concept plus large comprenant les étudiants de 3ieme cycle et toutes les personnes en situation précaire ayant suivi une formation doctorale (ATER, post-docs, chômeurs...).
La confédération est centrée sur la formation doctorale et les problèmes qui lui sont spécifiques, en particulier au travers des buts suivants :
Après moins de trois mois d'existence, la CEC regroupe actuellement 28 associations, comptabilisant plus de 1500 étudiants-chercheurs. On peut véritablement parler d'une dynamique enclenchée par la CEC, plusieurs de ces associations s'étant récemment formées et plusieurs autres étant en cours de formation.
Le déséquilibre initial en faveur d'associations de chercheurs en sciences « dures » est en train de se résorber, grâce là aussi au travail de terrain des associations pour rencontrer leurs collègues des sciences humaines et notamment pour leur faciliter l'accès au réseau Internet, qui facilite leur rapprochement.
Tout en restant indépendante, la CEC participe régulièrement à des réunions et actions inter-syndicales avec les différentes organisations intervenant dans le champ de la recherche et de l'enseignement supérieur, que ce soit des syndicats d'étudiants ou des syndicats de chercheurs et enseignants-chercheurs. Elle maintient des liens privilégiés avec le mouvement HOTDOCS, en étant distincte de ce mouvement.